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Rayan Bouchali : comment les microbes survivent-ils en ville ?

En 2018, l'Ecole urbaine de Lyon a soutenu 5 projets doctoraux issus d'établissements de l'Université de Lyon. Interview de Rayan Bouchali, doctorant en microbiologie urbaine à l'Université Claude Bernard Lyon 1, qui s'intéresse aux incidences des activités urbaines sur le comportement des bactéries.

- Quel est votre parcours universitaire et vos thèmes d’études de prédilection ? 
 
Après un baccalauréat scientifique, je me suis dirigé vers la première année commune aux études de santé (PACES), au terme de laquelle j’ai décidé de me réorienter. Après une première année assez généraliste en faculté de sciences, je me suis spécialisé en microbiologie. J’ai obtenu ma licence à l’Université de Montpellier. Cette discipline large m’a ouvert les portes de divers Masters : infectiologie, épidémiologie, immunologie, mais ma préférence est allée vers l’écologie microbienne et l’interaction des micro-organismes avec les végétaux, les animaux ou les insectes, toujours à l’Université de Montpellier. Durant mon stage de Master, j’ai pu travailler sur l’impact des eaux usées urbaines ou hospitalières sur les communautés bactériennes des eaux traitées, mais aussi de leur environnement récepteur. Ces travaux nous ont amenés à construire, mes directeurs de thèse et moi-même, un projet de recherche qui m’a permis d’obtenir un contrat doctoral financé par l’Ecole Urbaine de Lyon. 
 
- Sur quel sujet de thèse travaillez-vous ? Autour de quels enjeux et quels objectifs ? 
 
Ce projet de recherche croise des concepts propres à des disciplines semblant très différentes :  l’écologie microbienne, plus précisément la microbiologie urbaine, l’urbanisme et la sociologie. J’étudie le lien entre les morphotypes urbains, industriels, péri-urbains et la persistance de certaines espèces bactériennes pathogènes. Ces études s’effectuent en collaboration avec des sociologues/urbanistes, qui sont présents sur le terrain, lors de mes prélèvements, afin de décrire au mieux tout ce qu’il est possible d’observer. Cela me permet de confronter leur jeu de données avec le mien, afin de déterminer quel types d’activités sont sujets à dissémination ou à exposer les utilisateurs à ces micro-organismes. Dans un second temps, j’approfondis cette recherche en essayant de comprendre quels sont les déterminants génétiques (e.g. gènes de résistances, gènes de dégradation …) à l’origine de la persistance urbaine des bactéries étudiées. 
 
Ce projet de recherche vise à mieux comprendre l’écologie des bactéries pathogènes en ville, afin de définir des points-clés sur lesquels agir pour éviter la dissémination, l’exposition ou le développement de résistance par ces bactéries. 
 
- Quelles opportunités scientifiques et de formation apporte l’Ecole Urbaine de Lyon ? 
 
L’Ecole Urbaine de Lyon met en contact des personnes ayant investi des disciplines et des spécialités différenciées, ce qui est très enrichissant d’un point de vue scientifique. Par ailleurs, elle propose une grande variété de séminaires, de cours publics, de plateaux radio. Le fait de pouvoir participer et intervenir pour communiquer sur nos travaux de recherche est également très formateur. La pluridisciplinarité des interlocuteurs et des personnes encadrant les doctorants procure, enfin, l'opportunité d’avoir une autre vision de sa propre recherche, permettant de dégager de nouvelles hypothèses, de nouvelles questions, de nouveaux points critiques. 
 
- Où vous voyez-vous après la thèse ? 
 
Si j’espère obtenir un poste de chercheur ou d’enseignant-chercheur en microbiologie dans la recherche publique, je ne me ferme pas, pour autant, les portes à une carrière dans l’industriel et le privé. 
 
Sujet de thèse Rayan BOUCHALI, Université Claude Lyon 1, ED E2M2 : 
« Incidence des organisations et activités urbaines sur la structuration de la diversité bactérienne, dont la dissémination d’espaces pathogènes et la sélection de génotypes virulents et résistants aux antimicrobiens ». Lieu de travail : laboratoire d’Ecologie microbienne Lyon. Directeur de thèse : Benoit Cournoyer
 
 Photo : Juliana De Noli.